Der E3 verläuft vom Dreiländereck Thüringen – Bayern – Tschechien bei Mittelhammer ein kleines Stück über den Kolonnenweg am Grünen Band, bevor er sich nach Nordosten Richtung Triebel wendet und das Vogtland in einem Bogen durchläuft. Der Weg schließt Oelsnitz und Tirpetsdorf an, bevor er Schöneck erreicht. Hier hat 2020 der vierte Deutsche Winterwandertag stattgefunden und auch die Europäische Wandervereinigung hat hier schon ihre Jahrestagung abgehalten. Von Schöneck geht es östlicher Richtung zur Talsperre Muldenberg und weiter in Richtung Morgenröthe. Wetterinteressierte werden bei diesen Namen vielleicht hellhörig: In Morgenröte-Rautenkranz steht eine Wetterstation, die immer wieder die kältesten in Deutschland gemessenen Temperaturen aufweist. Zudem ist Sigmund Jähn, der als erster Deutscher in den Weltraum flog, in Morgenröthe-Rautenkranz geboren.
Ab Morgenröthe verläuft der E3 Richtung Karlsfeld nach Osten. Dabei überquerte er die Grenze zwischen dem Vogtland und dem West-Erzgebirge. Er verläuft vorbei an der Talsperre Carlsfeld-Weiterswiese, bevor er Richtung Wildenthal nach Norden abbiegt und den Stausee Sosa und den gleichnamigen Ort anschließt. An den Hängen des Ochsenkopfs vorbei erreicht der Weg den Ort Lauter, wo der Weg nach Süden abbiegt und später in östlicher Richtung die Stadt Schwarzenberg im Erzgebirge erreicht. Hier fand im Jahr 2003 der 103. Deutsche Wandertag statt. Von Schwarzenberg geht es über Pöhla zum Pumpspeicherwerk Markersbach. Es ist Deutschlands zweitgrößtes Pumpspeicherwerk und sowohl das Ober- als auch das Unterbecken werden über den E3 angeschlossen. Durch Markersbach und Scheibenberg geht es nach Schlettau und später über Dörfel nach Annaberg-Buchholz. Von hier aus verläuft der Weg in nordöstlicher Richtung über Mildenau und Schindelbach, wo der E3 nach Norden abbiegt und nach einem weiteren Richtungswechsel Marienberg erreicht. In einem kleinen Bogen geht es über Lauterbach und Niederlauterstein nach Zöllnitz, von woaus der Weg bei Rübenau, ganz nah an die deutsch-tschechische Grenze kommt, an der er sich die nächsten Kilometer orientiert. Über Olbernhau verläuft der Weg weiter in östliche Richtung, wo er den Kurort Seiffen erreicht. Dieser ist für die erzgebirgische Holzkunst bekannt. Nordöstlich von Seiffen erklimmt der E3 den 789 Meer Meter hohen Schwartenberg mit beeindruckenden Aussichten ins Erzgebirge und nach Tschechien. Der Weg verläuft weiter nach Bad Einsiedel, schlägt einen Haken zunächst in nordöstlicher und dann sogar in nordwestlicher Richtung über Neuhausen bis Sayda, wo der Weg wieder nach Osten abbiegt. Über Neuclausnitz geht es weiter nach Osten Richtung Neuhermsdorf, wo die tschechische Grenze wieder direkt angelaufen und ein Stück weit begleitet wird bis Rehefeld-Zaunhaus. Von hier aus geht es über den Kahleberg (905 m) nach Altenberg. Hinter Altenberg wird der knapp 821 m hohe Geisingberg erklommen, bevor der Weg nach Geisingen und damit Südosten abzweigt. Von hier verläuft er in nordöstlicher Richtung bis Lauenstein. Später erreicht er das Tal der Gottleuba und folgt diesem in nordöstlicher Richtung zur Talsperre Gottleuba und weiter zum Kurort Bad Gottleuba.
Von hier grob in östlicher Richtung über Markersbach wird das Bielatal erreicht, durch das es in nördlicher Richtung vorbei an beeindruckenden Felsformation geht. Hinter der Ortslage Bielatal geht es über den 424 m hohen Bernhardstein am oberen Rand des Bielatals weiter, wo kurz vor der Mündung der Biela in die Elbe die Festung Königstein erreicht wird. Mit der Fähre geht es über die Elbe. Auf der anderen Flussseite angekommen wird der 415 m hohe Lilienstein erklommen. Nach diesem Highlight geht es weiter am Fluss entlang zum Kurort Rathen, von woaus der Weg über felsige Pfade die Bastei-Brücke, das Wahrzeichen der Sächsischen Schweiz schlechthin, erreicht.
Weiter geht es in nördlicher Richtung über Rathewalde nach Hohburkersdorf. Hier ändert der E3 seine Richtung, um in südöstlicher Richtung und teilweise parallel zum Malerweg den Burgort Hohnstein zu erreichen. Von Hohenstein geht es in südöstlicher Richtung an Porschdorf vorbei, wo der Weg ins Tal der Sebnetz abzweigt, und weiter bis Kohlmühle. Über Wustmannsdörfel verläuft der E3 nach Süden, bevor er das Kirnitzschtal bei Bad Schandau erreicht.
Von Bad Schandau verläuft der Weg in einiger Entfernung parallel zur Elbe Richtung tschechischer Grenze. Hier stoßt er immer wieder auf Felsformationen mit teils urigen Namen. Bei Schmilka erreicht der E3 wieder die Elbe und verläuft parallel zum Fluss über Hrensko ins Gebiet der böhmischen Schweiz. Dort verlässt er Deutschland.
